К сожалению, в вопросе не указан тип товара, при импорте которого таможенный орган отказал в использовании таможенной льготы, но суть проблемы очевидна: импортируемый данным предприятием товар находится в особом списке, не подпадающем на настоящий момент под преференциальный режим, освобождающий от уплаты таможенной пошлины